Un serveur Apache est, en lui même, assez sécurisé, mais les applications qu'il héberge peuvent présenter des défauts de sécurité.
Certains IDS/IPS, par exemple Suricata, peuvent utiliser des règles améliorant la sécurité des applications. Mais, car il y a un "mais", le passage en HTTPS empêche pratiquement l'utilisation de ces règles car le contenu des flux HTTPS ne peut être analysé dans le flux des données réseau. Il faut donc se tourner vers une méthode qui agisse après le traitement HTTPS, il faut donc opérer entre le traitement HTTPS et l'application.
C'est ainsi que "Modsecurity" (de son petit nom "modsec"), module spécialisé pour Apache, permet d'utiliser des règles sur les données "décodées" et donc d'avoir une analyse fine, comme le fait par exemple Suricata pour le HTTP simple ou les autres protocoles non TLSisés.
Remarques au passage :
Si vous utilisez "Phpmyadmin" veillez à bien le configurer, à nettoyer les scripts de démarrage et filtrer au maximum l'accès à ses fonctions. Le filtrage par IP en limitant à une IP utilisée pour l'administration est une bonne méthode. En effet une grande partie des "pirates" cherchent un accès par des URL comportant "/phpmyadmin" (éventuellement avec quelques majuscules ou raccourcis), ou d'autres chemins connus "/pma", "/myadmin" .... en ciblant souvent les modules "setup...." ou d'autres réputés présenter une faille.
De toutes façons il ne me semble pas "sain" d'installer de tels outils sur des machines de production en contact avec Internet afin de limiter au maximum la surface d'attaque.
Il y a d'autre part intérêt, on ne le répète jamais assez, à mettre rapidement en place les mises à jour de sécurité de tous les logiciels.